Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego jest praktycznym wyrazem wdzięczności za całe ich życie, za ich wkład w duchową, moralną, cywilizacyjną i społeczną przemianę, jaka dokonała się w ciągu ostatnich kilkudziesięciu lat oraz za to, że ich dzieło uczyniło z polskości ważny punkt odniesienia dla kultury uniwersalnej.

Muzeum w zamyśle swoich twórców ma pełnić misję społeczną, polegającą na historycznej, kulturalnej i patriotycznej edukacji odbiorców. W nowoczesny sposób będzie kształtować ich wrażliwość, podtrzymując żywą pamięć przyszłych pokoleń o Janie Pawle II i Prymasie Tysiąclecia oraz ich roli w dziejach Polski i świata. Jest to szczególnie ważne w przypadku młodych Polaków, którzy nie pamiętają już osobiście Prymasa Tysiąclecia i coraz słabiej będą pamiętać Jana Pawła II.

Przekaz Muzeum skierowany jest ku szerokiemu gronu odbiorców – ma być zrozumiałym zarówno dla wierzących jak i niewierzących, dla Polaków, jak i zagranicznych turystów odwiedzających Warszawę.